Voor de hoofdzakelijk op basis van microscopische kenmerken tot stand gekomen indeling van het schimmelrijk ofwel het systeem van de fungi wordt een onderscheid gemaakt tussen de macrofungi en de microfungi.

Paddenstoelen en zwammen zijn de vruchtlichamen of voortplantingsorganen van in de bodem of het substraat aanwezige zwamvlokken of mycelia van macrofungi.

Tot de macrofungi worden de met het blote oog zichtbare soorten van Zakjeszwammen of Ascomyceten en Steeltjeszwammen of Basidiomyceten gerekend, waarvan de soms ondergronds en meestal bovengronds gevormde vruchtlichamen groter zijn dan ongeveer 1 millimeter. Zij zijn alle tenminste tot geslachtelijke voortplanting met asco- of basidiosporen in een zogenaamde perfecte vorm of teleomorf in staat.
Samen met de microfungi, die ook wel lagere schimmels worden genoemd, vormen zij het schimmelrijk.

De meeste microfungi zijn kleiner dan 1 millimeter. Zij planten zich meestal tijdens een ongeslachtelijke fase van hun levenscyclus, in een zogenaamde imperfecte vorm of anamorf voort, door ongeslachtelijke sporen of conidiën op gespecialiseerde delen van het mycelium, of op en in eenvoudige voortplantingsorganen af te snoeren.

Het schimmelrijk vormt samen met het planten- en dierenrijk het rijk van organismen met een echte kern. Hiervan vormen de zich via sporen verspreidende schimmels of fungi met meer dan 100.000 soorten de grootste groep.

De Gisten, Roesten en Branden worden ook tot het schimmelrijk gerekend.
In tegenstelling tot planten zijn schimmels niet tot fotosynthese, tot het uit zonlicht en koolzuur maken van koolhydraten in staat. Bij schimmels ontbreekt het voor assimilatie noodzakelijke chlorofyl of bladgroen. Zij moeten de voor hun ontwikkeling en voortbestaan noodzakelijke stoffen dan ook onttrekken aan levend of dood organisch materiaal van planten en dieren.